Η Οθωμανική Κατάκτηση

Το 1461 ο Μωάμεθ Β' ο Πορθητής κατέλυσε την Αυτοκρατορία του Πόντου. Η πτώση και του τελευταίου ελεύθερου ελληνικού χώρου κατέστησε την Ανατολή ταυτόσημη με την Οθωμανική Αυτοκρατορία, μετατρέποντας τον Εύξεινο Πόντο σε κλειστή μουσουλμανική θάλασσα.
 Χιλιάδες Έλληνες Πόντιοι προσφυγοποιήθηκαν ή κατέφυγαν σε ορεινές περιοχές, προκειμένoυ να ξεφύγουν από την εκδικητικότητα των Οθωμανών στρατιωτών και των ατάκτων. 
Αρκετοί Πόντιοι μετοίκησαν επίσης στη γειτονική μεσημβρινή εστία, προσβλέποντας σε απελευθέρωση  και στη συνέχεια σε επιστροφή στην πατρίδα τους.
Δεν είναι εύκολο να υπολογίσει κανείς το σύνολο του χριστιανικού ελληνικού πληθυσμού του Πόντου στη διάρκεια της μακράς οθωμανικής κυριαρχίας. Κι αυτό αφενός επειδή οι δημογραφικοί δείκτες μεταβάλλονταν συνεχώς εξαιτίας πολλών παραγόντων, όπως ήταν οι μεταναστεύσεις και οι εξωμοσίες, αφετέρου διότι τα διαθέσιμα απογραφικά δεδομένα είναι εξ ορισμού αποσπασματικά και αμφιλεγόμενα.
 Σύμφωνα με τα διαθέσιμα στοιχεία, το 1520 οι Έλληνες του Πόντου έφταναν τα 180.000 άτομα. Μέχρι τα μέσα του 17ου αιώνα ο πληθυσμός αυξήθηκε και άλλο, οπότε ακολούθησε καθοδική πορεία έως το 1855, κυρίως εξαιτίας της τρομοκρατίας των ντερεμπέηδων και της αποδημίας του πληθυσμού λόγω της οικονομικής καχεξίας.
 Φαίνεται επίσης πως στα τέλη του 19ου αιώνα οι Ελληνες στη γη του Πόντου πρέπει να ανέρχονταν σε λίγο παραπάνω από 400.000 άτομα, ενώ την εποχή του Α' Παγκοσμίου Πολέμου έφταναν τα 500.000 άτομα.
Η περίοδος της οθωμανοκρατορίας οδήγησε σε διοικητική αναδιάρθρωση στην περιοχή του Πόντου. Το βιλαέτι Τραπεζούντας, για παράδειγμα, αποτελούνταν από εννέα καζάδες:
Τραπεζούντας, Τζεβιζλίκ, Σουρμένων, Ακτσέ Αμπάτ, Βάκφι Κεμπίρ, Κοράλλων, Τριπόλεως, Κερασούντας και Κοτυώρων.

Από τις τραγικότερες σελίδες στην ποντιακή ιστορία είναι το φαινόμενο των μαζικών υποχρεωτικών εξισλαμισμών. Αμέτρητες αρχειακές μαρτυρίες καταγράφουν το φαινόμενο της εξωμοσίας, που οδήγησε σε συρρίκνωση τον ελληνισμό της περιοχής.
 Επρόκειτο για συνήθη πρακτική των οθωμανικών αρχών τους πρώτους αιώνες της Τουρκοκρατίας, ιδιαίτερα σε συνοριακούς τόπους ή σε τόπους από τους οποίους διέρχονταν μεγάλες οδικές αρτηρίες.
 Στενά συνυφασμένο με το φαινόμενο των εξισλαμισμών ήταν και το ζήτημα του κρυπτοχριστιανισμού, της φαινομενικής δηλαδή προσχώρησης στο μωαμεθανισμό, με ταυτόχρονη αλλά κρυφή διατήρηση των χριστιανικών πιστεύω.
Η περίοδος των οθωμανικών μεταρρυθμίσεων μετά το 1876 και οι συνακόλουθες θρησκευτικές ελευθερίες που δόθηκαν οδήγησαν στην αποκάλυψη των κρυπτοχριστιανών (κλωστοί), σι οποίοι έως τότε έκρυβαν τη χριστιανική πίστη τους. Ενδεικτική του φαινομένου του κρυπτό-χριστιανισμού είναι, για παράδειγμα, η έκθεση κατοίκων της Τραπεζούντας προς την ελληνική πρεσβεία Κωνσταντινούπολης στις 18 Απριλίου του 1900: «Οι πρόγονοί μας σε άγνωστο χρόνο και κάτω από θλιβερές περιστάσεις, κυριευμένοι από φόβο και τρόμο εμφανίστηκαν να έχουν γίνει μωαμεθανοί, ενώ κρυφά συνέχιζαν να είναι ακόμη χριστιανοί.
 Αυτή η κατάσταση συνεχιζόταν μέχρι το 1858, όταν ο σεβάσμιος αυτοκράτοράς μας, ο σουλτάνος Αβδούλ Μετζίτ που βασίλευε τότε, διακήρυξε την ισότητα του δικαίου για όλους τους υπηκόους και την ελεύθερη άσκηση των θρησκειών» παρατηρούσαν με θλίψη οι Έλληνες Πόντιοι.
Παρά τις προσδοκίες που σκόρπισαν οι οθωμανικές μεταρρυθμίσεις στα μέσα του 19ου αιώνα, η θέση των χριστιανών του Πόντου δεν βελτιώθηκε ουσιαστικά.
Ετσι, στις 12 Φεβρουάριου του 1901 ο πρώην πατριάρχης Ιεροσολύμων Νικόδημος απηύθυνε έκκληση μεσολάβησης στο Ρώσο πρεσβευτή στην Κωνσταντινούπολη Γεώργιο Νικολάγιεβιτς: «Μετά τον Κριμαϊκό Πόλεμο οι χριστιανοί της Τραπεζούντας, που αναγνωρίστηκαν ως τέτοιοι με βάση τα κρατικά φιρμάνια και διατάγματα, ενώ πριν τους θεωρούσαν μουσουλμάνους, συνεχίζουν να υποφέρουν από παντός είδους δεινά και όλα αυτά γίνονται για να αλλάξουν τη θρησκεία τους.
 Σήμερα ξαναζητάνε την προστασία της πρεσβείας της Ρωσικής Αυτοκρατορίας, που επανειλημμένα ασκούσε επιρροή προς εξασφάλιση της θρησκευτικής ελευθερίας των χριστιανών».

Το 1850 ο συντάκτης του περιοδικού Πανδώρα, ο οποίος επισκέφθηκε την Τραπεζούντα παρατηρούσε: «Οι εμφύλιοι διαπληκτισμοί των γενιτσάρων και αι μέχρι της τελευταίας διοικητικής μεταρρυθμίσεως καταχρήσεις και αρπαγαί ίων αρχόντων κατήντησαν την Τραπεζούνταν εις αθλίαν κατάστασιν.
 Ενώ το 1800 έτος ο αριθμός των κατοίκων αυτής ανέβαινεν εις εκατόν χιλιάδας και επέκεινα, το 1830 είχε μόλις 15.000. Σήμερον, όμως μετά την σύστασιν των ατμοπλοίων ηύξησεν εκ νέου ο αριθμός αυτών εις 40 περίπου χιλιάδας».
Σύμφωνα με τα διαθέσιμα απογραφικά στοιχεία, ο συνολικός ελληνικός πληθυσμός του Πόντου πρέπει να έφτανε στα μέσα του 19ου αιώνα τα 650.000 με 700.000 άτομα. Η Τραπεζούντα είχε στα τέλη του ίδιου αιώνα 50.000 κατοίκους, εκ των οποίων οι 15.000 ήταν Ελληνες. Το όνομά της ο νομοφύλακας Ιωάννης Ευγενικός, στο εγκώμιό του, το αποδίδει στο ιδιαίτερο τραπεζοειδές σχήμα των λόφων που την περιβάλλουν.
 Στην πόλη υπήρχαν πολλά χριστιανικά μνημεία, όπως ο Ναός της Αγίας Σοφίας, ο Ναός του Αγίου θεοδώρου Γαβρά, του περιώνυμου τοπικού αγίου, ο Ναός του πολιούχου Αγίου Ευγενίου, ο Ναός της Αγίας Αννας, ο μητροπολιτικός Ναός της Παναγίας Χρυσοκεφάλου και στις πλαγιές του Μιθρίου ο Αγιος Σάββας. 
Ο συνολικός αριθμός των μοναστηριών που ιδρύθηκαν στην Τραπεζούντα και στην ευρύτερη περιοχή δεν μπορεί να προσδιοριστεί με ακρίβεια. Μεταξύ αυτών, εξέχουσα θέση κατέχει η Μονή θεοσκεπάστου, που συνδέθηκε στενά με το αυτοκρατορικό περιβάλλον.

Δίχως αμφιβολία όμως η μεγάλη φήμη του ποντιακού μοναχισμού, η οποία ξεπέρασε τα στενά γεωγραφικά όρια της Τραπεζούντας, του Πόντου και της Μικράς Ασίας, βασίστηκε στην ύπαρξη και στη λειτουργία τριών ιστορικών μονών: του Αγίου Ιωάννη Βαζελώνος, του Αγίου Γεωργίου Περιστερεώτα και κυρίως της Παναγίας Σουμελά.
 Οι μονές αυτές, εκτός από θρησκευτικοί πόλοι, αναδείχθηκαν σε κέντρα της οικονομικής και κοινωνικής ζωής αλλά και της ανάπτυξης και της διάσωσης του πολιτισμού.
Από τα μέσα του 19ου αιώνα η περιοχή του Πόντου προσήλκυσε επίσης το ενδιαφέρον των Μεγάλων Δυνάμεων της εποχής, κυρίως λόγω των μεταλλευτικών αποθεμάτων που υπήρχαν στο υπέδαφος της, ιδιαίτερα στην περιοχή της Χαλδίας. Στο πλαίσιο αυτό πολλές ευρωπαϊκές εταιρείες επένδυσαν στην περιοχή, θέτοντας τις βάοεις της οικονομικής διείσδυσής τους στην Οθωμανική Αυτοκρατορία αλλά και της συνακόλουθης μεταξύ τους σύγκρουσης για την απόκτηση ερεισμάτων.