Η οθωμανική κυριαρχία

Μετά την κατάληψη της Τραπεζούντας (1461) η ουδέτερη και μάλλον ευμενής συμπεριφορά των Οθωμανών σουλτάνων έναντι των Ελλήνων του Πόντου εξηγείται κυρίως από το μεγάλο ενδιαφέρον του οθωμανικού κράτους για τα ανατολικά του σύνορα, αφού οι πόλεμοι κατά της Περσίας συνεχίστηκαν για δύο ακόμα αιώνες.
Τη περίοδο αυτή διαδέχτηκε η σκληρή Τουρκοκρατία εκ μέρους των τοπικών Οθωμανών τιμαριούχων (ντερεμπέηδων). Παρά την επίσημη διοίκηση της περιοχής από τον πασά της Τραπεζούντας, οι ντερεμπέηδες προέβησαν σε αυθαιρεσίες και επέδειξαν τυραννική στάση απέναντι στο ντόπιο ελληνικό στοιχείο, τουλάχιστον ως τα μέσα του 19ου αιώνα.

Η ενδυμασία, η υπόδηση, η πρόσβαση σε δημόσιους χώρους και όλες ουσιαστικά οι πτυχές της καθημερινής ζωής των Ελλήνων ραγιάδων προσδιορίζονταν σύμφωνα με τις επιθυμίες του Οθωμανού κατακτητή. Πολλοί Ελληνες του Πόντου αναγκάστηκαν τότε είτε να μεταναστεύουν προς τη μεσημβρινή Ρωσία και τον Καύκασο, είτε να μετοικήσουν στην ενδοχώρα, που παρείχε κάποια ελευθερία και ασφάλεια.
Πόλος έλξης υπήρξαν οι μεταλλοφόρες περιοχές, οι εμινέδες, της Χαλδίας και ιδιαίτερα της Αργυρούπολης, που υπάγονταν απευθείας στην κεντρική εξουσία, γεγονός που περιόριζε τις έξωθεν επεμβάσεις και αυθαιρεσίες. Το 1520 ο ελληνικός πληθυσμός του Πόντου υπολογίζεται σε 180.000.
Ως τα μέσα του 17ου αιώνα, παρά τις αντίξοες συνθήκες ο πληθυσμός αυτός γνώρισε αύξηση της τάξης του 30%. Μετά το 1750, ο εξισλαμισμός προκάλεσε την κατά 50% μείωση του συνολικού ελληνικού πληθυσμού, αλλά και τον τριπλασιασμό των κατοίκων της ενδοχώρας.
Οι μετακινήσεις πληθυσμών μεταξύ των παραλίων και της ενδοχώρας, την περίοδο 1650-1800, συνέβαλαν αποφασιστικά στην διάσωση του ελληνικού στοιχείου. Μετά το 1840, η Υψηλή Πύλη φάνηκε κάπως πιο ανεκτική στις δραστηριότητες των ραγιάδων.
Οι επανειλημμένες φιλελεύθερες διακηρύξεις του οθωμανικού κράτους (Τανζιμάτ 1839) περιόρισαν βέβαια τις επεμβάσεις στη ζωή των Ελλήνων από το επίσημο κράτος, όχι όμως κι από ανεπίσημους παράγοντες του. Ο ελληνικός πληθυσμός στην περιοχή από 260.000 το 1865, έφτασε περίπου τις 600.000 κατοίκους το 1909.
Στις πρώτες δεκαετίες του 20ου αιώνα, που συνδέονται με το κίνημα των Νεότουρκων, την αφύπνιση του τουρκικού εθνικιστικού φρονήματος, αλλά και τις προσπάθειες των Ελλήνων του Πόντου μέσα από ένοπλες ή διπλωματικές ενέργειες να πετύχουν είτε την ένωση με την Ελλάδα είτε την αυτοδιάθεση, εφαρμόστηκε μια ολόκληρη σειρά βίαιων μέτρων (εξορίες, δημεύσεις περιουσιών, καταναγκαστική εργασία, εκτελέσεις), που οδηγούσαν στον αφανισμό.
Ειδικά ο εξισλαμισμός κατά την οθωμανική περίοδο ξεκίνησε από τα πρώτα χρόνια της κατάκτησης. Αρχικά, δεν διενεργείται με κρατική πρωτοβουλία πλην ελαχίστων εξαιρέσεων αμέσως μετά την κατάληψη της Τραπεζούντας (1461). Όμως τα δεινά που επισώρευσε στην περιοχή η περίοδος 1650-1840 προώθησαν τον εξισλαμισμό σε ολόκληρο τον Πόντο, γεγονός που προκάλεσε και μείωση των χριστιανικών επισκοπών της περιοχής.
Περιοχές δυτικά της Τραπεζούντας και στην κοιλάδα του Όφη εξισλαμίστηκαν σε μεγάλο βαθμό. Πολλοί όμως διατήρησαν κρυφά τη χριστιανική τους πίστη, της οποίας τη λατρεία συνέχισαν να τηρούν με σεβασμό μυστικά.
Η αντίσταση του ελληνικού στοιχείου στο βίαιο εξισλαμισμό φανερώνεται κι από τα αναρίθμητα παραδείγματα νεομαρτύρων, όπως του Ιορδάνη του Τραπεζούντιου (1650), του Συμεών του Τραπεζούντιου (1653), του Παρασκευά (1659) και πλήθος άλλων, που μαρτύρησαν για τον εθνισμό και τη θρησκεία τους.